Sistem penandatangan dengan menggunakan sertifikasi elektronik atau TTe tentu memiliki alur yang berbeda dengan model manual. Sistem elektronik ini ada campur tangan Badan Sertifikasi Elektronik dalam pemrosesannya, oleh karena itu keberadaan jaringan komunikasi data (jarkomdat) menjadi penting. Jika ada gangguan baik itu dari sisi jaringan atau kendala pemeliharaan di-sisi pusat maka penerbitan dokumen juga akan mengalami kendala. Namun terlepas dari itu semua sistem penandatanganan ini jauh lebih memberikan manfaat kepada masyarakat yaitu tidak perlu menunggu kehadiran kepala instansi dalam penerbitan dokumennya.